日朗（にちろう）を開山として1260年（文応1）に創建されました（日蓮が開山したという説もある）。もとは比企能員（ひきよしかず）の屋敷で、比企一族が、北条氏を中心とする大軍に攻められ、滅ぼされた地でもあります。その後、比企大学三郎能本（よしもと）が日蓮のためと比企一族の霊を弔（とむら）うため、お堂を建てたのが始まりといわれています。
境内の祖師堂には、日蓮の生前の姿をうつした三体の像の一つといわれる座像が
安置されています。この像は、一木からつくられたと伝えられていて、14世紀ごろの作品といわれていますが、ふだんは公開されていません。
蛇苦止堂（じゃくしどう）の蛇苦止明神は、比企の乱で悲劇の入水をした若狭の局（わかさのつぼね）の霊が北条政村の娘にとりついて苦しめたのを慰めまつったと伝えられていて、この妙本寺の守護神となっています。